Tijdens de oorlogsjaren waren de universiteiten gesloten. Veel studenten werden toen lid van burgerroeiverenigingen; ook bij Het Spaarne was dat het geval.

Veel van deze studenten zaten in het verzet. Bij Het Spaarne was Han Cox één van de organisatoren daarvan. Hij organiseerde de wapensmokkel. Wapens werden 's nachts over het water aangevoerd, onder de vloer in de loods verborgen en later per handkar gedistribueerd. Alleen voorzitter Beukman en bootsman Willem van Zonneveld waren op de hoogte. Weinigen wisten er dus van.

Ook de zo succesvolle coach Adrian was erbij betrokken en werd om die reden nog voor het einde van de oorlog gefusilleerd.

Bij de feestelijkheden rond de toekenning van het predikaat "Koninklijk" in 1950 werden door Han Cox nog enkele herinneringen uit het verzet opgehaald.